La Contabilidad es el centro de registro de las operaciones administrativas, financieras y soporte tributario de esta DGII. De los registros en las cuentas de mayor general y auxiliar se generan los reportes de tesorería, presupuesto, reembolso, nóminas. Se registran en un sistema administrativo y financiero adquirido por la DGII a finales del 2007.
 
El Balance General está elaborado con el propósito de poder presentar las cuentas de Activos y Pasivos con que cuenta la institución para enfrentar los compromisos contraídos, está acompañado por las notas explicativas a cada cuenta y es elaborado y presentado con el cierre contable de cada mes.
 
El Catálogo de Cuentas fue elaborado acorde a las buenas prácticas de contabilidad generalmente aceptadas y la contabilidad pública.