En cumplimiento con lo establecido en la Ley 227-06 que otorga personalidad jurídica y autonomía funcional, presupuestaria, administrativa, técnica y patrimonio propio a la Dirección General de Impuestos Internos (DGII), se realizan auditorías externas con la contratación de firmas de auditores independientes que certifican los estados financieros, de ejecución presupuestaria, el fondo de reembolso tributario y los procesos de compras y contrataciones, despacho y recepción de almacén.
 
El proceso de selección de la firma de auditores externos se realiza mediante licitación pública nacional.
 
Esta Dirección General también es auditada por la Cámara de Cuentas de la República Dominicana en cumplimiento de la ley 10-04 del 20 de enero 2004.